La systématique microbienne est une discipline qui s'intéresse à la classification, l'identification et la nomenclature de l'ensemble des micro-organismes uni et pluricellulaires. Elle vise à organiser ces organismes en groupes hiérarchiques pour mieux comprendre leur diversité, leur évolution et leurs interactions. La systématique évolue constamment grâce aux avancées en biologie moléculaire et en bioinformatique, permettant une classification plus précise et plus fiable. Ce cours porte essentiellement sur la description et les principes de la classification des champignons microscopiques, des microalgues, et les virus (bien que leur statut de "vivant" soit discuté).